Во время плановой документарной проверки на соответствие деятельности организации уставным целям выяснилось, что в федерации «проводилась деятельность по пропаганде Фалуньгун (Фалунь Дафа)». Обе секты были признаны нежелательными и запрещены в России с 2020 года по решению Генеральной прокуратуры.
28 июля 2023 года Кировский районный суд Ярославля вынес приговор бывшему главе федерации Денису Шибанкову. Его признали виновным по статье 284.1 УК РФ. (Осуществление деятельности иностранной или международной неправительственной организации, в отношении которой принято решение о признании нежелательной на территории Российской Федерации ее деятельности).
Ярославская федерация была аффилирована с Федором Емельяненко, который покинул пост главы Союза смешанных единоборств России вскоре после вынесения приговора Шибанкову.