С иском о расторжении договоров, подписанных в 2017 году, в арбитраж обратилось Нижнеобское территориальное управление Росрыболовства. Этому предшествовало проведение ряда проверочных мероприятий, по итогам которых ведомство выявило нарушение компанией взятых на себя обязательств. В частности, «Запсиббиоресурс» не производил вылов рыбы для обеспечения продовольствием жителей Тюменской области и близлежащих регионов: на момент подачи иска в управлении отсутствовали данные об изъятии объектов аквакультуры за 2018-2021 гг. и показателях зарыбления и выращивания молоди. Кроме того, предприятие не осуществляло мелиоративных работ. В процессе судебных разбирательств, представители ответчика заявляли, что все необходимые работы проводились, но отчеты не сдавались и за это был выплачен административный штраф. Но документального подтверждения эти заявления не получили и теперь «Запсиббиоресурс» готовится к продолжению спора в апелляции.
Ранее Евгений Шипицын рассказывал СМИ о планах обеспечить регион муксуном, нельмой и чиром. Однако развивать новые направления он планировал после перерегистрации бизнеса и создания нового юрлица. Такие шаги коммерсант мог предпринять с целью уклонения от выплаты многомиллионных долгов, а также для того, чтобы узаконить новое руководство предприятия: решением ФАС бывший директор дисквалифицирован до 9 мая 2024 года. Кроме того, компаньон Шипицына Виктор Сидоренко (владелец 30% в уставном капитале «Запсиббиоресурса»), в судебном порядке добивается выплаты причитающегося ему дохода от реализации контрактов предприятия, подписанных со структурами «Роснефти» и Транснефти».
Известно, что Сидоренко заключил с «Запсиббиоресурсом» договор о совместной деятельности по воспроизводству водных биоресурсов, в соответствии с которым ему причиталось 30% полученного дохода. В период действия договора на счета предприятия поступило свыше 41,6 млн рублей, причем Сидоренко выплатили всего 4 млн. Через суд он добился признания долга в размере почти 7 млн рублей, но предприятие Шипицына отказалось платить в рамках исполнительного производства.
После ареста счетов и имущества компании, Шипицын безуспешно пытался с помощью Виктора Гавришенко вывести из-под ареста оборудование, якобы являющееся гарантией по заключенному между ними кредитному договору.
